האבחון של הקנדילומה יעשה על ידי רופא עור ורופא מין וזאת על ידי בדיקת הגידולים והיבלות שהתפתחו על גבי העור שכן יש להם מבנה ומרקם מאוד ספציפי וקל לאבחון. על מנת לוודא שאכן מדובר בוירוס ניתן להשתמש בחומצה אצטית שכאשר אותו נגע בא במגע עם החומצה הוא הופל ללבן ומאשר את האבחון. באיזו איבר מינה של האישה בדיקה זו פחות רלוונטית שכן נגיעם וזיהומים אחרים הופכים גם הם ללבנים כתגובה לחומצה אצטית מה שהופך את הבדיקה לפחות יעילה.

על מנת לבדוק אם אישה נדבקה בוירוס עליה לבצע בדיקת משטח של צוואר הרחם שידועה כבדיקת PAP. את הבדיקה ניתן לבצע בקופת החולים וכן אצל רופא הנשים בה לוקחים משטח מצוואר הרחם ובודקים את הימצאות הנגיף. קיימת בדיקת PAP רגיל ובדיקת PAP דק כאשר השנייה הוכחה כאמינה יותר ולכן היא המבוצעת ברוב קופות החולים. לנשים שנחשפו לנגיף מומלץ לבצע בדיקת PAP דק פעם בשנה למשך כשלוש שנים או בדיקת PAP רגיל כל שנתיים. ממצאי הבדיקה יכולים לאתר כ50% ממקרי ההדבקה ולכן יש לחזור על הבדיקה.

כאשר מופיעות יבלות אלה ניתן לטפל בהופעתן על ידי טיפול מקומי או צריבת היבלות. טיפול מקומי יעיל לטיפול במקרים של יבלות רכות וטיפול על ידי צריבה יעיל יותר לטיפול במקרים של טיפול ביבלות קשות ומפוספסות. ישנם מקרים בהם יבוצע טיפול מקומי וצריבה. מדובר בטיפולים שדורשים זמן ואורכים מספר חודשים עד שהיבלות נעלמות לחלוטין לכן יש להתמיד בטיפול ולהתאזר בסבלנות.